豹是当今世界上分布最广的食肉动物之一,从沙漠到雨林,从低地平原到山地高原的各种各样的栖息地都有豹出没。
在过去的一个世纪里,它们经历了人类活动造成的极端栖息地丧失,既有直接来自狩猎,也有间接来自栖息地减少和猎物竞争。这导致它们在非洲的栖息地减少了50%以上,在亚洲则减少了80%以上,有一些种群甚至已经灭绝。
豹的遗传分析对了解其种群历史、结构和动态具有重要意义。尤其重要的是对整个核基因组的分析,这意味着细胞核心中包含的所有DNA大约有25亿个DNA碱基(成对的DNA构建块)。在一项新研究中,科学家们研究了现代的和历史上的各种豹的基因组,使用了从自然历史博物馆收集的样本,在世界不同地区的豹子之间发现了惊人的基因分离水平。
通常,基因分析包括收集新鲜组织样本。但对于豹这种动物来说,这样做是非常困难的。这些动物很难被追踪到,特别是在它们很罕见的地区,而且侵入性取样对这种动物来说是不友好的。而在动物园饲养的豹可能也不是一个好的选择,因为它们可能已经是多种豹的杂交后代。基于这些原因,研究人员把取样工作转向了博物馆。
博物馆取样
世界各地的自然历史博物馆里都有皮肤、骨骼甚至完整的动物标本,这些标本往往是几十年前收集的。从这些旧标本中提取遗传物质,无论从技术角度还是从经济角度来说,都是一个很大的挑战,因为这些样本中的DNA降解程度更高,有时除了豹的DNA外,还包括大量的污染DNA。但这样做可以让研究人员从豹身上收集数据,涵盖它们的整个分布,包括现在和历史。
研究人员收集了许多博物馆标本的材料,并对每个标本的DNA质量进行了研究。然后,他们筛选了最好的样本,从中测序出几千亿个碱基的DNA。利用高性能的计算资源,研究人员比较了所有豹子的DNA,并进行了一系列不同类型的分析,以更好地了解它们的差异。
非洲豹和亚洲豹
研究人员得到的最惊人的发现之一是非洲豹和亚洲豹之间的明显区别。非洲豹和亚洲豹在大约50万到60万年前就已经分化,这与现代人和尼安德特人的分化相当,相比之下,棕熊和北极熊大约在万年前就分化了。但令人费解的是,在豹的25亿个DNA碱基中的大部分基因组范围内,研究人员发现,亚洲豹与非洲豹的基因分离比棕熊与北极熊的基因分离要多。
亚洲豹这种遗传分化的原因是它们在非洲以外的扩散。尽管有证据表明,西亚和南亚的豹携带的DNA与非洲豹相对相似,这可能是由于偶尔的杂交,但这两个大陆上豹的整体差异性一直保持着。
这种分离程度在单个物种中是不可预料的。不同物种之间的这种遗传差异甚至并不总是很明显。研究人员得出一个结论:相对较少的个体豹子在非洲以外的扩散对塑造这些动物在世界各地的遗传模式产生了巨大的影响。第二个研究结论是:非洲豹和亚洲豹自分离以来有着截然不同的种群历史。非洲豹表现出更高的遗传变异性,它们的种群之间的遗传差异较小。
在亚洲,地理的影响要大得多,这意味着遗传距离和地理距离之间的相关性更强。一般来说,豹在基因上与生存在附近的其他豹更为相似。这表明亚洲大陆不同地区之间的基因流动和扩散要比非洲少。
尽管人类对豹子栖息地的广泛入侵,但历史样本并不一定比研究中的现代样本具有更高的遗传多样性。这表明,我们在亚洲豹身上看到的差异并不是由于最近人类的影响。尽管人类已经使一些豹种群灭绝,但人类对整个物种的影响还不足以在整个基因组中反映出来。
博物馆中的豹子样本让我们对豹的进化历史有了有价值的新见解,也让我们了解了目前世界上的豹种群,甚至是已经灭绝的豹子种群。豹被列入国际自然保护联盟(IUCN)的“濒危物种”红色名录,并因其分布范围被列为极度濒危物种。这些新研究有助于人们能够更有针对性地保护它们。